بررسی عوامل مؤثر در ارزیابی‏های ژنتیکی صفات اقتصادی یکی از مهم‌ترین چالش‏های اصلاح نژادی در پرورش دام و طیور است. هدف از مطالعه حاضر بررسی ساختار جمعیت و تنوع ژنتیکی در آمیخته‏های مرغ گوشتی تجاری و بومی و مقایسه صحت و اریبی مقادیر ارزش‏های اصلاحی برآورد شده (EBV) با استفاده از روش‏های BLUP مبتنی بر شجره (BLUP) و BLUP ژنومی تک‏مرحله‏ای (ssGBLUP) بود. همچنین بهترین سطح فراوانی آللی برای انجام ارزیابی‏های ژنومی در صفات وزن بدن (BW) و میانگین افزایش وزن روزانه (ADG) مورد بررسی قرار داده شد. در این مطالعه از رکوردهای 488 قطعه پرنده F2‌ (312 پرنده تعیین ژنوتیپ شده و 176 پرنده فاقد ژنوتیپ مشخص) حاصل از تلاقی متقابل جوجه‏های سریع رشد آرین و جوجه‏های بومی کند رشد ارومیه در سنین 2 تا 7 هفتگی برای BW و 2 تا 4 هفتگی برای ADG استفاده شد. نتایج حاصل از تجزیه‌وتحلیل ساختار ژنتیکی جمعیت توسط مقیاس‏بندی چندبعدی MDS، نقشه حرارتی (Heat map) و درخت فیلوژنی neighbor-joining، گروه‏بندی 312 پرنده F2 دارای ژنوتیپ مشخص را در 8 زیرجمعیت تائید کرد. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار در گروه‌های مختلف به ترتیب K1= 0.4677، K2= 0.4635، K3= 0.4949، K4= 0.5235، K5= 0.4613، K6= 0.4273، K7= 0.4618 و K8= 0.4459 برآورد شد. همچنین شاخص تثبیت (Fst) در این گروه‏ها از 01/0 تا 29/0 متغیر بود. تعداد 48379 نشانگر    پس از عبور از مرحله کنترل کیفیت به پنج زیرگروه با فراوانی آللی مختلف (MAF) (1/0-05/0، 2/0-1/0، 3/0-2/0، 4/0-3/0 و 5/0-4/0) تقسیم شد. پس از اعتبارسنجی و مقایسه صحت ارزیابی BLUP و ssGBLUP با استفاده از روش 5-fold cross validation (CV)، برای BW، میانگین صحت پیش‏بینی ژنومی در روش ssGBLUP نسبت به روش BLUP برای هفته‏های 2، 3، 4، 5، 6 و 7 به ترتیب 03/59 %، 37/220 %، 46/0 %، 61/5 %، 45/0 % و 73/2 % بهبود یافت. همچنین، نسبت به اطلاعات صد درصد    ها، در هفته دوم برای هر یک از MAF های 1/0-05/0، 2/0-1/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 6/0 %، 4/5 % و 6/0 %، در هفته سوم برای MAF 5/0-4/0 مقدار 66/16 %، در هفته چهارم برای هر یک از MAF های 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 37/8 % و 05/6 %، در هفته پنجم برای هر یک از MAF های 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 94/3 % و 5/4 %، در هفته ششم برای هر یک از MAF های 2/0-1/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 31/7 % و 11/4 % و در هفته هفتم برای هر یک از MAF های 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 54/7 % و 91/8 % بهبود ژنتیکی صحت پیش‎بینی حاصل شد. همچنین برای ADG، میانگین صحت پیش‏بینی ژنومی در روش ssGBLUP نسبت به روش BLUP برای هفته‏های 2، 3 و 4 به ترتیب 96/1 %، 87/3 % و 12/2 % بهبود یافت. برای میانگین صحت پیش‏بینی ژنومی در روش ssGBLUP با استفاده از زیرگروه‏های مختلف MAF در مقایسه با به‌کارگیری اطلاعات تمام    ها، در هفته دوم برای MAF های 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب مقادیر 86/6 % و 98/0 %، در هفته سوم برای MAF های 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 93/1 % و 38/8 % و در هفته چهارم برای هر یک از MAF های 2/0-1/0، 3/0-2/0، 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به ترتیب 51/8 %، 19/3 %، 7/11 % و 77/12 % بهبود حاصل شد. نتایج حاصله علاوه بر تائید برتری ارزیابی‏ها در روش ssGBLUP در مقایسه با BLUP، برتری زیرگروه نشانگرهای با MAF 5/0-4/0 نسبت به اطلاعات صد در صد    ها در بهبود صحت پیش‏بینی ژنومی برای هر دو صفت BW و ADG در هفته‏های مختلف را نشان داد. به‌طورکلی نتایج مطالعه حاضر مؤید امکان استفاده از نشانگرهای با فراوانی آللی 5/0-4/0 و حتی ایجاد تراشه‏های کم‏تراکم با فراوانی آللی مذکور در مطالعات ژنومی هستند که در این صورت علاوه بر کاهش هزینه تعیین ژنوتیپ، می‌تواند برای رتبه‌بندی مطمئن افراد بر اساس شایستگی ژنتیکی صفات مربوط به رشد مورد استفاده قرار گیرد.

کلمات کلیدی: پلی‏مورفیسم‏ تک نوکلئوتیدی (  )، فراوانی آللی جزئی (MAF)، بهترین پیش‏بینی نااریب خطی (BLUP)، بهترین پیش‏بینی نااریب خطی ژنومی تک‏مرحله‏ای (ssGBLUP)، جوجه‏های نسل دوم (F2 Chickens)، هتروزیگوسیتی (Heterozygosity)، شاخص تثبیت (Fst)، ساختار جمعیت (Population structure)